舞台はルクセンダルクと呼ばれる世界。 その南半球の東に位置するナダラケス地方、砂と大時計の国ラクリーカよりさらに南。クリスタル正教が信仰する4つのクリスタルのうちの1つ、風のクリスタルが祀られている風の神殿にて。風の巫女アニエス・オブリージュは徐々に弱まりつつあるクリスタルの輝きに不安を抱きながらも祈祷の準備を行っていた。クリスタルを前に祈祷を行おうとしたその時、突如クリスタルから噴出した闇が周囲を飲み込んでいった。未曾有の災厄を前にアニエスはなすすべなく、身を盾にした修道女達の犠牲と引き換えに神殿を脱出。異変の元凶を探るため、時を同じくして閃光に包まれたカルディスラの北、ノルエンデ村を目指し旅をすることとなる。 ナダラケス地方より海を挟んで北にあるカルディスラ王国では記憶喪失の青年リングアベルが街中を散策。流れている清々しい風がやがて止むことを懸念しながらもバーに入りDの手帳を眺め、嬌声をあげる女性達に愛嬌を振りまいていた。 雪に閉ざされた北方、エタルニア公国では空挺騎士団の飛行艇がカルディスラへ向かう風の巫女捕獲のために出立。エタルニア公国元帥の一人娘、イデア・リーは出立前に最後の稽古にて師匠のカミイズミより愛刀「伊勢守」を託され、カミイズミ達と遠くでうかがう父ブレイブ・リーに見送られ一人前になるための初任務に向かう。 カルディスラ地方北の辺境、ノルエンデ村で弟ティルと羊飼いとして平穏な暮らしをしていたティズ・オーリアは、突如閃光とともに出現し、村を消滅させた巨大な穴に落ちたティルを引き上げようとするが失敗。穴に飲み込まれてゆくティルを呆然と眺めながら自身も満身創痍となり気を失ってしまう。 カルディスラ王国の宿屋で目を覚ましたティズは村の生き残りを探しにノルエンデ渓谷へと向かい、そこで祈りを捧げるアニエスと出会うが、彼女から村の生き残りがティズしかいない事を告げられる。アニエスは大穴が出現したのと同時に闇に飲まれたクリスタルを解放し大穴を塞ぐため、クリスタルの精霊エアリーと共に旅立ち、ティズもその旅へと同行することとなる。