在「博物馆（MUSEUM）」瓦解后，风都重回和平，然而许多盖亚内存却流出去……左翔太郎与回归的菲力普，一如往常地在鸣海侦探事务所当着私家侦探，解决「让城市哭泣的坏蛋」。这次翔太郎居然碰到了来无影去无踪的美女，而好巧不巧这次的委托人，竟然也是想拜托翔太郎找到这位「T字路口的魔女」……！在电视版「假面骑士W」结束多年后，主创三条陆老师特别亲自撰写的续篇正式开始！