義務教育からの理数系科目排除という政府の方針に異を唱えたドクター・ピタゴラス率いる数学テロ組織「黒い三角定規」。数学オンチばかりの警察の捜査協力者に選ばれたのは、中学二年の天才数学少女・浜村渚だった。無差別殺人と思われた「黒い三角定規」による長野県連続殺人に、渚はある法則性を見出す。