旧文明の遺物『V号戦車パンター』で人類の天敵『竜』を撃つ『機甲狩竜師』を目指すトウヤたちに下された新たな任務。それは森に棲むエルフたちと協力し、王竜種バハムートが棲まう未踏の遺跡『雲海の塔』の調査だった。任務の過程で未知の戦車を操るエルフたちと出会い、バハムートの謎に触れる中、一人の少女の忌まわしき過去が呼び起こされていく―。「どうして、あたしを殺してくれなかったの…!」そして徐々に明らかになっていく世界の真実と、変わりゆくトウヤと少女たちの絆。戦況は新たな局面へと突入していく!