３人でまた夜空を見つめよう。そして、流れ星を探そう。 「これよりマスター承認試験を行う」 キーブレードを手に世界を救った少年、ソラの物語から遡（かのぼ）ることおよそ１０年。 ここは３人の若者達、ヴェントゥス、テラ、アクアが修行をする旅立ちの地。 テラ、アクアのふたりがキーブレードマスターの承認試験を受けたその日、世界の異変を告げる鐘の音が突然鳴り響いた。 謎の脅威、アンヴァースの出現、失踪したキーブレードマスター、ゼアノート。光のプリンセスに迫る闇の存在。 世界を揺るがす異変の正体を解明すべく、３人はそれぞれの思いを胸に旅立ちの地を後にすることに。