時は大正。大きなお屋敷に住み込みで働く少女・菊は、ある日、屋根裏部屋で美しい少女人形を見つける。それは薔薇乙女と呼ばれる“生きている"人形だった。いっぽう、“東京十二階"で働く菊の妹・華も不思議な出来事に巻き込まれて!? 花の帝都で薔薇乙女の新たな物語が幕を開ける!