第一次涅洛伊大战结束后20年。那场激烈战争在世界各地留下的伤痕慢慢痊癒。然而逐渐开始聚集的乌云还是在世界各地蒙上阴影，如今安宁的日子彷彿就像暴风雨前的宁静。1937年，扶桑皇国舞鹤海军附属小学六年级生－－坂本美绪，12岁。后来成为传说的魔女的她，此时还是一名不相信自己能力的少女。