逃离长空篇 紧接着《崩坏学园2》的游戏剧情，2014年，在长空市中，发生了强烈的崩坏。琪亚娜，雷电芽衣，布洛妮娅三个少女在逃离长空市的过程中，遇到了天命组织的女武神，无量塔姬子... 樱花追忆篇 被无量塔姬子带入圣芙蕾雅学园的琪亚娜三人，在学园长德丽莎的要求下，接受成为女武神的培训，在训练过程中，琪亚娜却意外遇见了500年前死去的祖先卡莲，和卡莲纠缠一生的“她”，也出现在了德丽莎的面前... 逆熵入侵篇 故事发生在圣痕之谜篇之后，在九幽深受重伤的姬子，生命处于危险之中...为了变强保护重要的人，琪亚娜参加了德丽莎设计的训练，但在这时候，逆熵开始了对圣芙蕾雅学园的入侵！ 恩返篇 德丽莎背部的八重樱圣痕出现了异常，令德丽莎陷入了昏迷之中。为了唤醒德丽莎，芽衣进入了圣痕的数据空间中调查圣痕异常的原因。而此时，“她”也出现在了被封闭在圣痕空间中的德丽莎面前… 月影篇 在第一律者复制人入侵圣芙蕾雅学园的风波平息之后，姬子也从昏迷中苏醒了过来。正当大家在为姬子的归来庆祝之时，符华却收到了一项神秘的任务。并且，这项任务的委托人给了她一个奇怪的指令… 紫鸢篇 公元1470年，意图扩张势力的天命发动了一场规模巨大的东征。尽管对这场战争的目的心怀疑惑，但天命最强的女武神卡莲·卡斯兰娜还是服从了组织的命令。但在战场上，她的觉悟受到了质疑…… 第二次崩坏 2000年2月1日午夜，在西伯利亚的天命巴比伦实验室中，所有研究员一夜之间全部消失。在奥托下令调查这起“神秘”事件的同时，还有人似乎在担忧着“她”的出现。而这一切，揭开了第二次崩坏的序幕…… 雾都假日 在英国伦敦的繁华街道上，幽兰黛尔与丽塔不约而同地踏足于此，远离崩坏的战场与激烈的战斗，在这片历史悠久的土地上，迎接她们的是全新的任务，还是一场久违的假日？ 传承 在过去的4500年间，第二神之键一直被用于观测“虚数之树”上的其他“平行世界”。盛者必衰，一度辉煌的文明，终究会凋零。隐藏在第二神之键中的答案，正缓缓浮出水面…… 异乡 2029年，银河某处。星门已然开启，天上之人一定会循着“信标”而来。而我们则要将视线投向过去，回到第四神之键刚刚修复完成的时候……