少女爱丽丝从睡眠中苏醒之后，发现自己身在一所陌生的学园，这里的规矩就是不得与外界接触。学园里所有学生都失去了从前的记忆，而她唯一记得的也只有自己的名字，在她意外发现学园的惊人秘密后，发觉一切事物都不对劲。后来她遇见一名来自附近村落，同样在追查学园真相的男孩，于是下定决心找寻原本的自己及真正的家，但前方却有重重危机与黑暗等待着两人。