極限まで発達したインターネット世界。世界は高度に発達したネットワーク（ソフトウェア）と、それを支え、現実世界に反映する超構造体（ハードウェア）によって構成されている。テクノロジーの恩恵を受けて繁栄した人類であるが、災厄によりネットワークにアクセスする資格と能力（市民権と同義）を失ってしまう。 『感染前』の『ネット端末遺伝子』を求める探索者・霧亥（キリイ）は『統治局』への再アクセスを可能にするために何千フロアも超構造体を放浪する――。