神武暦2718年。宇宙から半機半獣の身躯を持つ魔神機たちが来襲し、魔神機と人類の戦い、魔人大戦が勃発した。大地は荒れ果て、人口は30％まで減り、人々が諦めかけていた頃、ザイル一族と呼ばれる7人の若い侍が不思議な指輪を使い、魔神機たちを退ける。 それから500年の時が流れ、神武暦3218年、日本（ZIPANG）。荒廃した大地で人々は懸命に生きていた。しかし、先の大戦で敗れた魔神機たちが、再び人類を滅ぼすために動きだした。伝説のエグザムライ7人は再び集結し、人類の存亡をかけた最後の戦いが、今幕を開ける。