17岁的少女——黄金原宇宙自小和病魔缠斗, 为了接受心脏移植手术而来到纽约, 却一直苦候不到合适的器官捐赠者, 眼看短短17年的生命将要消逝, 某日，一位和宇宙年龄相仿的少女，因车祸脑死被送往医院, 她的心脏不仅奇迹般地拯救了宇宙, 更使宇宙地未来产生了不可思议地变化........ 就在宇宙要返回日本当天，一名叫日嗣的男子突然出现，他告诉宇宙，移植到宇宙体内的心脏，原属于日本第99代的日巫子所有。 日巫子小姐拥有相当于第1代日巫子的强大力量，且这股神奇的力量，已经借由心脏的移植，转移到了宇宙身上。为了阻绝体现日巫子力量的邪恶分子，身为巫子守护者的日嗣，决定留在宇宙身旁保护她。 和日嗣一起进入光学院就读的宇宙，在学校认识了两名知道日巫子身份的少年——蝶名林和含瑞。期间，宇宙数次遭到虫的攻击，为了解决这一连串的虫事件，日嗣陪着宇宙一起到[珍珠湖] 寻找传说中的神宝——蜂之比礼。然而在他们前往森林，向阿贝马其神求助的途中，却遭到了浓雾的团团包围…… 交通事故で亡くなった99代目〈日巫子〉の心臓を受け継ぎ、100代目〈日巫子〉になった黄金原こすもは、巫女守の日嗣や能瀬王士、99代目〈日巫子〉の角膜を移植された海道由良と共に数々の事件を解決してゆく。しかし、101代目〈日巫子〉候補選定という次代に向けての動きが見え始めた矢先、日嗣は脳腫瘍で倒れてしまう。手術は成功するも記憶を失い人形のようになるが、こすもの危機を感じ取り守り続ける。その一方で、日嗣のように謎の昏睡状態に陥る人々の数が増えつつあった。更には、淡島神のお告げにより「日巫子を殺す存在」が生まれて来るという。黒いオシラサマ、アスモデウスの馬と呼ばれるアマノフチコマ、虫の卵に憑かれた〈日巫子〉＝こすもを殺そうとする存在。それらの謎が謎を呼ぶ。