皇歴2017年、日本が神聖ブリタニア帝国に占領されて属領「エリア11」となってから、7年が経過した。そこに仮面を被った謎の男・「ゼロ」が現れ、ブリタニアの支配に対する反逆の狼煙を上げる。しかし、ゼロ率いる「黒の騎士団」が起こした「ブラックリベリオン」（第一次トウキョウ決戦）は、ゼロの謎の失踪とともに失敗に終わることとなる。 超大国であるブリタニアを大きく震撼させかねないこの事件は、日本のみならず世界中に影響を与えることになり、敵対していた中華連邦やE.U.といった大国はもちろん、被支配下にある国々でも対ブリタニアを掲げたテロが頻発し、反抗の機運が高まっていた。世界中のテロリストやキョウトのようなテロリスト支援組織と結びつき、テロを誘発させるテロリスト派遣組織「ピースマーク」では、他者に姿を変えるギアスを持つ青年・オルフェウスもその一員として愛機のナイトメアフレーム (KMF) 「白炎」（びゃくえん）を駆り、世界各地でテロ活動に尽力していた。 そういった反抗の芽を、ブリタニアは圧倒的な軍事力によって徹底的に潰す決定を下す。ブリタニア第88皇女マリーベル・メル・ブリタニアは、赤をシンボルカラーとする対テロリスト遊撃機甲部隊「グリンダ騎士団」を結成すると、その騎士団長に就く。カールレオン級浮遊航空艦「グランベリー」を旗艦、エースパイロットとは名ばかりの新米騎士たちを主力とし、多数の実験段階のKMFが配備されたグリンダ騎士団は、世界各地のテロを鎮圧するための遊撃任務を与えられる。幼き日の約束を果たそうとしていた少女・オルドリンも筆頭騎士として、キャメロットより授かった専用KMF「ランスロット・グレイル」を駆り、テロリストに果敢に立ち向かう。 そんな混沌とした情勢の中、中東にある小国で、同じ顔と同じ「OZ」の名前を持つ男女が出会ってしまう。