犀川研究室の旅行で、愛知県にある妃真加島（ひまかじま）[注 1]に向かった犀川創平と研究室の面々。犀川の恩師の娘である西之園萌絵も研究室の正式なメンバーではないが参加していた。妃真加島にはその所有者である真賀田家が設立した『真賀田研究所』があり、実は萌絵は研究所と多少の関わりがあったのだ。 真賀田研究所には優秀な研究者が集い、（世間の常識からは少し外れているが）彼らなりの論理・生活形態と、それを許容する環境の下で精力的に研究を進めている。その頂点に君臨するのが、真賀田四季博士。彼女は現存する最高の天才で、名実ともに研究所の活動の中心人物であった。彼女は過去に犯した殺人によっても有名人物であり、研究所の一画に隔離されている存在でもあった。 萌絵の提案で研究所を訪れた犀川と萌絵の前に、不可思議な死体が姿を現す。さらに続いて起こる殺人事件。2人は研究所で起きた事件の謎にとらわれていく。 作品世界中で1994年の夏に起こった事件。現実の1994年はインターネットやwwwが世間に認知される直前にあたり、コンピュータやネットワークについて知識を持つものは少数であった。 犀川、萌絵、真賀田四季は、その後の森博嗣作品にも陰に陽に現れる重要なキャラクターである。