高中生神名绫人在与朋友一起前往考场的路上，遭遇侵略军航空部队与防卫军之间的战斗。在被破坏的街上，绫人遭到怪异的男子意图绑架，却被谜样的美女——紫东遥给拯救了。然而，遥也将枪口指向了绫人。绫人在混乱中，与遥一起来到巨大的神殿。在那里，巨人·翼神世音正等待着…… 　　2015年、東京。神名綾人と美嶋玲香は、まずは平凡な高校生活を送っていた。だがある日、街中に飛来する戦闘機の爆音と共に、戦争が始まった。同時にふたりは、黒服の謎の男たちに襲われる。そこに現れたのが紫東遥という女性。遥は男たちを撃退し、綾人と玲香を東京湾アクアラインへ連れていく。そこには海底に向かう秘密の横道があり、行き着いた先には超古代文明の遺跡があった…！！