高校2年生・羽崎拓は、普通の人には聴こえない人間の心の音が聴こえる特殊な能力のせいで憂鬱を抱えるまま日々を過ごしていた。ある日、彼は自分と同じ能力を持つ五十嵐凛・高野響と出会い、更に彼らと相対する振夜の来訪者の存在を知る。その出会いから、拓は自分の能力"琴咒（ノイズ）"を忌み嫌い続ける日々を捨て、凛・響らと共に学園生活を過ごしながら、人の弱さにつけこみ命を奪い続ける振夜の来訪者との戦いに赴く。