世界の中心にあるイルージャ島を中心に起こった、世界を支えるマナの暴走。それを救ったのは、女神の血を継いだ樹の民の少女と聖剣に選ばれた勇者だった。 戦いの後、マナの女神の手によってイルージャ島は数名の樹の民と共に世界から隔離され『聖域』とされた。 それから300年後、世界各地では謎の破壊活動、モンスターの凶暴化、精霊の暴走と壊滅の危機を迎えようとしていた。 危機を救うべく聖剣の勇者を探すため、双子の巫女エマとニコ、巫女を護衛するイアンの3人はイルージャから旅立つのだった。