再構築された世界でも惹かれ合った優樹と世界（セカイ）。 世界は次第に学校にも溶け込んでゆき、彼らの平穏な日々は今度こそ続いていく――と思われたが。 世界の態度はどこか煮え切らず、優樹は不審を抱いていた。 そんなある日、おチヨによって世界（せかい）と世界（セカイ）の秘密は暴かれ、 無情にも決断の刻が迫りつつあることを知らされる。 九十九機関から逃れるためにあらゆる手段を使った逃避行の末、辿り着いたのはとある港町の修道院。 そこでささやかな”願い”を果たそうとする二人を待ち受ける運命とは――