マジック好きの高校生・黒羽快斗。彼の父は天才マジシャンだったが、世界的な大泥棒「怪盗キッド」という裏の顔も持っていた。しかし、その父はマジック中に不慮の事故により他界する。だが快斗は、次第に父は何者かに殺害されたのではないかと疑惑を抱くようになり…。快斗はその疑惑に挑むべく、父の跡を継いで「怪盗キッド」となるのだった―。「名探偵コナン」の永遠のライバル「怪盗キッド」の秘められたベールが今、明かされる―。