時值二次世界大戰開始的昭和十二年（1937），一位少年柴田英人因緣際會地被捲入事件可能左右國家命運的事件裡。加入了帝國少年諜報部，成了諜報員帝都男孩3號的英人的第一個任務是保護國會議員兒子的同學濱田，可是濱田的父親卻因為英人等人進入濱田家所竊取出來的情報而自殺。英人開始懷疑自己所揭發的真相，是否能夠保護人…？