"東京"が変貌して二年——高校生の秋月蓮次と、大人気アイドルの弓家叶方には二人だけの秘密があった。二人は"臨界区域・東京"に侵入する"侵入者"だったのだ。エリア限定の特殊能力"ショット"を使って探索を続ける蓮次と叶方。敵対する政府機関"救務庁"と、エリア最悪の怪物にして人類の敵——"EOM"（Enemy of Mankind）との三つ巴の状況で、二人は誓いあった"約束"を果たすことができるのか!?