1959年5月20日於香港《明報》創刊號上發表。連載約三年。定本共40回，回目標題都是四字。台灣遠流出版事業公司於2003年出版經金庸修訂後的世紀新修版《神鵰俠侶》，新舊版本比較，故事主要情節沒有變化，作者對書中的某些細節進行了修改（如小龍女不再如此冷若冰霜），並顧及歷史人物形象，把個別歷史上曾有的真實人名改為虛構姓名（如尹志平改為甄志丙）。 故事源於南宋理宗年間，武林五絕高手之一「西毒」 歐陽鋒偶遇四處流浪的江南少年楊過。 楊過自幼喪失雙親，歐陽鋒收他為義子並傳授武功（蛤蟆功）。 稍後，楊過被亡父楊康生前的結義兄弟、江湖上有名的大俠郭靖尋獲，打算帶往桃花島以傳他武功。但郭靖之妻黃蓉每見楊過便如見到了楊康，念及楊康生前所為，擔心楊過會濫用武功，提議由她單獨指導楊過。黃蓉只教楊過讀書，望其受儒家經典陶冶。楊過以為黃蓉偏心，加以同年的武氏兄弟挑釁辱罵，自小性格孤癖的他與武氏兄弟發生打鬥，並憑歐陽鋒的蛤蟆功把武修文弄至重傷，因而被送到天下武學正宗的全真教學武以及修心養性。然而其師趙志敬得不到天性叛逆的楊過的奉承，心中不忿，不但不傳武功，還要他在教中吃盡苦頭。一次趙志敬迫未獲傳授武功的楊過與師兄鹿清篤比武，楊過捱打，忍無可忍，最後逃出全真教，被生活在終南山後活死人墓中的小龍女收留為徒。師徒二人在墓中一起練武、一起長大，漸生情愫。全真教道士尹志平(新修版改為甄志丙)迷戀小龍女美色，偶然見其行動受制，將其姦污。小龍女誤為楊過所為，對返回的楊過表達願結連理，然而楊過的回答不知所云，小龍女解讀為其負心薄悻，卻不忍殺害他，憤而離開終南山。楊過懵然無知，四處尋找小龍女，在尋找的過程中恍然明白小龍女對自己的愛意。 後來中原召開武林大會，蒙古帝國高手金輪法王(新修版改為金輪國師)前來挑戰。關鍵時刻，小龍女和楊過偶然捲入紛爭，助郭靖打敗金輪國師。郭靖佩服及感謝小龍女、楊過二人，並打算將女兒郭芙許配給楊過。楊過不肯，堅持娶小龍女為妻。但師徒通婚違背當時禮教，二人的愛情不能為世俗所容。小龍女希望楊過能夠被郭靖等人接受，黯然離去，後又萬念俱灰，想要尋死，卻被絕情谷主所救。 而這絕情谷主公孫止也被小龍女深深迷住，逼她為妻。就在小龍女出嫁前夕，楊過為它事來到了絕情谷，二人離別重逢，頓時愛情之火不可遏制。小龍女知道楊過對自己的感情始終未變，因而回絕了谷主的婚約。谷主於心不甘，用絕情谷獨有的「情花」刺傷楊過，而被情花刺傷的人，只要一思念起心愛的人，便會痛不欲生，唯一的解藥，就是谷中特有的絕情丹。谷主原本想以此脅迫二人，沒想到引出了自己的元配妻子裘千尺，裘千尺趁機趕跑了公孫止。並要楊過拿郭靖夫妻首級來換解藥，以報兄仇。在此之前，楊過由曲傻姑處探聽得父親死時片段，認定自己父親為郭靖夫妻無辜殺害！一心要為父報仇的楊過毫不遲疑答應下來。而郭靖此時正帶領各方援軍守住襄陽城，抵抗蒙古大軍。楊過被守城中的郭靖的凜然大義和開闊襟懷感染。在關鍵時刻不僅沒有殺郭靖，反而救了郭靖。之後，楊過為助武三通排解兩個兒子為了郭芙而起的拚死決鬥，騙兩兄弟郭芙已被許配給自己。小龍女適巧聽到，不告而別。郭芙發覺兩兄弟有異，詢問後憤而質問楊過，一劍砍去其右臂。楊過斷臂昏迷，醒來時偶遇曾與前輩高人為伴的一隻神鵰，並在神鵰幫助下，練成一身神功。此時小龍女發現了當時自己是被尹志平(新修版改為甄志丙)姦污，千里追蹤尹志平(新修版改為甄志丙)，被全真教幾大高手聯手一擊，打成重傷。楊過趕到終南山，小龍女已經是奄奄一息，無法醫治……彌留之際的小龍女穿上新娘的鳳冠霞帔，二人成親。小龍女自知傷重不治，自赴絕情谷為楊過求取絕情丹不果後，為免楊過陪自己一起死，於是在斷腸崖前留書十六年之約，毅然跳進了萬丈深淵！黃蓉安慰楊過，假說小龍女被一世外高人帶走，十六年後會回來跟他相見。楊過雖將信將疑，卻仍決定等待小龍女十六年。 十六年後，楊過已經是江湖上鼎鼎大名的「神鵰俠」了。名滿江湖的楊過一直默默等待着和小龍女重逢的日子。在此期間，楊過在嘉興也發現父親的死因，於是終於放下對郭家的仇恨。楊過也和郭靖夫妻的次女郭襄邂逅，與她建立一種深厚的兄妹之情，可是郭襄也暗戀着楊過但也祝福他和小龍女。 在和小龍女分手滿十六年時，楊過來到當時小龍女刻字的地方，卻不見小龍女出現。楊過絕望過度，縱身跳入萬丈深淵！在深淵水下，楊過找到了在這裏隱居了十六年的小龍女！原來小龍女也是投崖未死，反而機緣巧合，傷勢痊癒，但卻沒有辦法再出去，於是一直在谷底隱居，二人十六年後重逢，無限欣喜……楊過帶着小龍女離開深淵，前往襄陽。楊過以高強武功，於萬軍之中救下被持的郭襄，擊敗了金輪並殺死蒙古皇帝蒙哥，蒙古大軍頓時崩潰，在襄陽就要失守時解了其十六年的圍困，暫緩南宋邊境之危。經此一役，「神鵰俠侶」天下揚名。 楊過等人在擊退蒙古軍後，去到華山上見一群小嘍囉進行着「第三次華山論劍」，楊過嚇退他們，並與同伴談論新的天下五絕，遂重訂天下五絕為：「東邪——黃藥師，西狂——楊過，南僧——一燈，北俠——郭靖，中頑童——周伯通。」下華山時，遇上少林派覺遠與弟子張君寶向瀟湘子、尹克西追討《楞伽經》與《九陽真經》，楊過暗助張君寶打敗瀟湘子後，攜小龍女告別眾人離去......（郭襄和張君寶的事迹在《倚天屠龍記》中續有敘述。）