基本はアニメ版（R2も含む）を漫画化したものでストーリー展開や主人公もアニメ版と同じだが、一部の設定が異なっている。 その中でもアニメ版との最大の違いはナイトメアフレームが存在しない事。白兵戦とルルーシュのギアス能力がメインとなる。だが陸戦艇や戦闘機、アニメにも登場する戦車など、KMF以外の機動兵器は登場する。 アッシュフォード学園がイレヴンとブリタニア人の共学制度であるという設定が強調されており、アッシュフォード学園内のストーリーに比重が置かれている傾向がある。 ナイトメアフレームが存在しない事を除けば基本はアニメ版と変わらないが、本作では主人公、ルルーシュらが通う「アッシュフォード学園」に関するキャラの細かい設定に差異がある。