黒のアサシン（ジャック・ザ・リッパー）のマスター、六導玲霞によって瀕死に追い込まれたホムンクルス、ジークは自身も理由が分からぬままに復活を遂げた。 一方、黒のアサシンを追い詰めたルーラー、ジャンヌ・ダルクは予想外の反撃を受ける。 そしてこの戦いで指し示された一つの事実を前に、ジークは人間という存在そのものに悩み始める。 最後の戦いは間近に迫り、生き残ったサーヴァント、そしてマスターたちも様々な決断を迫られる。 決戦場所は大聖杯が格納された巨大宝具『虚栄の空中庭園』。 第三次聖杯戦争より「Fate/stay night」「Fate/Zero」から分かたれた外典の聖杯戦争。 共に裁定者として召喚されたジャンヌ・ダルクと天草四郎時貞は世界の救済を巡り、決して敗北が許されぬ戦いに挑む――！