「能搭上诺亚方舟的只有一个人……」谷口勇次是一个平凡的高中生。有一天，跟他青梅竹马影山美保的哥哥秀一，在田径赛跑出惊人的成绩，接著全身爆裂。此后便不断有怪物袭击他，他才终于得知自己是拥有以绝种动物遗传因子的X因子人…而能够存活下来的X因子人只有一个…… 　　『箱船に乗れるのはひとりだけ……』平凡な高校生活を送っていた谷内勇次。ある日、幼なじみである影山美保の兄・秀一が、陸上大会で驚異的なタイムを出した後、全身を破裂させた。その後、次々と怪物に襲われる勇次は、己が絶滅動物の遺伝子を組み込まれたX-GENE（イクスジーン）であることを知る。生き残れるイクスジーンはたったのひとり…………………最強の遺伝子を決める戦いが今、幕を開ける！