テンプル騎士団に囚われた母を救う為、聖人はアニムスを通して18世紀のカリブ海へ!! 自らのDNAをたどり海賊エドワードとなった彼は、アサシン教団の導師・タバイに導かれ、12世紀から続くオブザーバトリーを巡るテンプル騎士団との抗争にアサシンとして身を投じる事を決意する!!