2000年、舞台は日本国M県杜王町（もりおうちょう）。冬休みの終わる3日前。 ぶどうヶ丘学園高等部1年の広瀬康一と漫画家・岸辺露伴はコンビニの前で血まみれの猫と遭遇する。猫の飼い主を捜してたどり着いた先には家の中で車に轢かれた女性の奇妙な死体。 スタンド「ヘブンズ・ドアー」によって探り出した手がかりは「腕に赤い爪痕のある男子学生」。3ヶ月にわたる事件はこうして幕をあける。 そして、恋人の手によってビルとビルの隙間に突き落とされ、そこで生活することになった飛来明里。 不思議な革表紙の本を持つ蓮見琢馬と彼に惹かれる双葉千帆。 彼と彼女たちのストーリーは既に始まっていた。