巨人がすべてを支配する世界。巨人の餌と化した人類は、巨大な壁を築き、壁外への自由と引き換えに侵略を防いでいた。だが、名ばかりの平和は壁を越える大巨人の出現により崩れ、絶望の闘いが始まってしまう。 中央憲兵への取り調べにより、レイス家が本物の王家であることが判明。調査兵団は王政を打倒しクリスタ(ヒストリア・レイス)を女王に即位させようと動くが、中央憲兵の「対人制圧部隊」によりクリスタとエレンを奪われてしまう! エルヴィンも捕らえられ、解体寸前の調査兵団。起死回生の一手は果たして‥‥!?