ジンドグマに制圧されている北陸・金沢。仮面ライダースーパー1は医王山にて四幹部と交戦、チェックマシンから遠ざけられることによる消耗戦を強いられていた。一方、市街地で怪人に囲まれていたジュニア・ライダー隊を救出した仮面ライダーXとSPIRITS第9分隊が富山湾沖で目にしたものは!？　そして、村雨邸に待機する緑川ルリ子はバダンシンドロームの核心を語り始める‥‥。