故事的开头，1879年的澳洲雪梨，我们知道渥夫一直在寻找里昂，时间已经流逝将将四百年，他找到了记忆被自我封印的里昂，昔日强大的炼金师成了一名海员。航行途中神秘少女雷碧思出现，整船人离奇死亡。渥夫引诱里昂去伦敦寻找答案。回到“家乡”的里昂发现对少时的一切记忆皆为捏造，查无 实证。结识旧书店老人巴鲁达。雷碧思再度出现。为了救出被掳走的雷碧思和巴鲁达，里昂来到渥夫的私人宅邸。渥夫焚烧宅邸，利用大火唤醒了里昂沉睡的自我…… 故事回溯至过去时空，15世纪末的炼金师地下世界。里昂因反教会言论的书籍被审查禁止，遭到宗教法官海林·宾斯修士的追捕，他逃到神圣罗马帝国领地拜伦，利用医生身份的掩护一边行医一边继续研究科学。恩师灵知者克里斯·R·C指引他去到圣灵之馆，与新组建的秘密结社蔷薇十字团同志会合。这时来接他的正是该城领主渥夫男爵。这是他们俩的初次见面。