蘭たちのクラスに在籍していた転校生。17歳。 中性的な容姿で、丸眼鏡を着用している。父親はCIA捜査官であるイーサン・本堂、姉はその任務を受け継いだCIA捜査官・本堂瑛海。母親は10年ほど前に亡くなるまで奥平 角蔵（おくだいら かくぞう、声 - 藤本譲）の家で住み込みの家政婦をしており、瑛祐自身もそれまで奥平家で育った。その後、瑛祐は大阪で働いていた父親に引き取られた。父と姉がCIA捜査官という事実は知らされておらず、失踪した姉を探し回り容姿が酷似していたアナウンサー・水無怜奈を追っていた。 ドジな性格で、歩いていると不注意で人や物にぶつかることが多く、園子からは「ドジっ子」と呼ばれる。さらには自分でも「神様に嫌われているとしか思えない」と称するほどの不幸体質で、恒久的に不運に見舞われている。蘭や園子ら同級生の前では軽い敬語を使って話すが、怜奈の前では興奮していたため、口調も荒っぽくなっていた。 幼い頃に白血病を患い、その治療で骨髄を移植した際に血液型がO型からAB型へと変わった。その後、交通事故でAB型の瑛海からの輸血が可能となったが、本人はこの事実を知らなかった。そのため、瑛海がCIA捜査官だということを知らなかったこともあり、彼女に対して疑惑を持つようになった。 一見すると愚鈍な印象を受けるが、実際は頭が切れるため、小五郎を見張って怜奈に執着し、事件の真相を自分と同じように解明している素振りなどが原因で、コナンから警戒されていた。組織と直接の関連がないことが判明してからは、「ドジではあるが頭の切れる少年」と認識されるようになった。 コナンの正体には、自ら調査して得てきた情報から薄々感付いていたらしく、初対面の際には、工藤新一であると看破した上で新一を相手として挨拶していた。また、蘭には初対面時から一目惚れしていたらしく、コナンと2人きりになった際に告白するつもりだと持ち出したところ、彼から新一であることを逆に告白され、推理の確信を得るに至った。その後は父や姉と同じくCIAに入るため、アメリカに留学すると語っていた[注 45]。なお、瑛海はFBIとの協力関係を結ぶ条件として、瑛祐に証人保護プログラムを適用し、組織から守るように赤井に頼んでいたが、瑛祐本人はこれを拒否している。 名前の由来は『007』シリーズの登場人物であるジェームズ・ボンドと、江戸川乱歩賞作家の海渡英祐から。