魔術協会三大部門の一角。別名「巨人の穴倉」。西暦以前から存在する、エジプトを根拠とする錬金術師の集団。 時計塔に所属しているような、中世を発祥とする西洋魔術に傾倒した現代錬金術とは別物で、魔術の祖と言われる錬金術師の集まり。プラハの協会とは致命的に仲が悪い。錬金術として万物・物質の流転は共通のテーマだが、アトラス院ではそれに加えて事象の変換も研究している。また、アトラスの錬金術師は転生を実現したミハイル・ロア・バルダムヨォンを軽視している。 錬金術、その中でも思考分割、高速思考といった、人体を演算装置とする術に特化している。魔術回路数が少ないことも特徴で、単体では自然干渉系の術はまったく使えない。しかしそれをよしとしている。「最強になる必要はない。最強であるものを作ればいいのだから」がモットー。 主に武器（兵器）の製造をしており、その最たるものが「七大兵器」として展示されている。プラハの錬金術師曰く、「アトラスの封を解くな。世界を七度滅ぼすぞ」。初代院長が演算した世界の終末を回避するために兵器を作り続け、そしてその兵器は世界を滅ぼしうるがために廃棄され続ける。 基本的には独立した集団なのだが、稀に他の協会や聖堂教会からの依頼で錬金術師を貸し出すことがある。そのためには過去にアトラス院が発行した「契約書」が必要。七枚だけ発行されたこれを回収することも、アトラス院の目標の一つ。 魔術協会は基本的に全てそうだが、「自己の研究は自己にのみ公開する」という規律が、アトラス院では特に徹底されている。